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皇族や貴族などが住む寺院の名称。仁和寺の門跡寺院は日本最古であり、宇多天皇が出家して仁和寺に入られたのが始まりと言われています。その後、住職のことを「門跡」と呼ぶようになり、宇多法王後から明治維新までの三十代に渡り、皇子皇孫が引き継がれました。
平安から鎌倉にかけて貴族に庇護されたことより仁和寺は大きく栄えましたが、鎌倉後期に武家が台頭し、また仏教も禅宗が盛んとなることより、衰退の一途をたどります。また、室町第八代将軍足利義政の後継ぎ争いにより京都は戦火となり、建築物をすべて焼失しました。その後、思うように再興することができず、江戸時代に入り徳川三代将軍家光により現在の仁和寺を再興されまされました。