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江戸の再興の時に新築されたもの。京都御所より下賜された建物の一つ。棟心(門の中心)がやや前方に片寄る特徴を持つ薬医門様式より「薬医門」とも呼ばれ、本坊の入り口にあるところより「本坊表門」と呼ばれています。また、建築用材はすべて欅材という珍しいものです。重要文化財。
現在の中門は江戸の再興の時に新築されたもの。朱色の極めて簡素な門といえますが、江戸初期の建築様式をよく伝えるものです。重要文化財。
江戸の再興にて建てられたもの。金堂の東側に位置しています。経蔵とは経典を収納する蔵を言い、内部には「八角輪蔵」という八角形の大型の回転式経庫があります。重要文化財。