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近畿三十六不動尊の第十四番霊場。昔、京都が大洪水になった時に、堀川に流れ着いた不動尊が「仁和寺に帰りたい」と言い、ここに納められたという伝説があります。
また、水掛不動尊の台座の石は、菅原道真が大宰府に流される時、別れの挨拶をするため、宇多天皇の勤行をこの石に腰をかけて待ったという伝説より、菅公腰掛石と呼ばれています。

大災より貴重な寺宝を守るため、昭和六年に建設されたもの。数多くの宝物が収蔵され、国宝「阿弥陀三尊像」をはじめ、多数の佛像・古文書・工芸品が展示されています。霊宝館は毎年春秋の二回一般公開されています。