根本中堂は、１６４２年（寛永１９年）徳川三代将軍家光によっての改築になります。写真からでもその威風堂々たるたたずまいが伝わる入母屋造り、銅板葺きの建造物です。正面から左右に９０メートルの回廊を巡らせてあります。ご本尊は伝教大師最澄上人御自作の秘佛薬師如来像でその御前には不滅の法灯が開創以来１２００年間途絶えることなく灯もり続けています。内陣は石敷きの土間で参拝者のいる板敷きの中陣、下陣より一段低い位置になっています。内陣が一段低くなっている為法灯や御本尊様が丁度参拝者の目の高さに来るようになっています。このことは、佛も人もひとつという考え「佛凡一如」の考えを表すそうです。